단백질 2차 구조 주석: DSSP 4

단백질 2차 구조 주석은 단백질 아키텍처 이해에 필수적이며, 구조 분류, 정렬, 시각화 및 기계 학습 응용 분야의 초석 역할을 합니다. 기존 DSSP 알고리즘은 단백질 모델에서 알파-나선, 베타-시트, 루프와 같은 2차 구조 요소를 할당하는 표준으로 사용되어 왔습니다. 본 연구에서는 DSSP 기능을 현대적인 컴퓨팅 프레임워크로 재구성하고, 좌수성 카파-나선(Poly-Proline II 나선) 감지 기능을 확장한 DSSP 버전 4를 소개합니다. FAIR(Findable, Accessible, Interoperable, Reusable) 원칙에 맞춰 DSSP 4는 mmCIF를 기본 입출력 형식으로 채택하면서도 기존 PDB 및 DSSP 형식과의 호환성을 유지합니다. 업데이트된 이 도구를 사용하여 PDB 전반의 2차 구조 요소 분포를 분석하고, 다양한 실험 방법으로 얻은 구조를 구분했습니다. 이를 통해 새롭게 주석 처리된 카파-나선을 포함한 2차 구조 요소의 유병률과 길이에 대한 통찰을 얻었습니다. DSSP 4 소프트웨어, 데이터뱅크 및 서버는 https://pdb-redo.eu/dssp에서 자유롭게 접근 가능하여 구조 생물학 연구에서 광범위한 유용성과 상호 운용성을 보장합니다.